- Общее собрание.
- Президиум.
- Высший инженерный совет при президенте НИА РК.
- Конкурсная комиссия.
- Ревизионная комиссия.
- Департамент научно-технических программ и международных связей.
- Департамент научно-производственных программ.
- Департамент финансов и бухучета.
Отделения:
- Архитектуры, строительства и строительных материалов.
- Вычислительные и информационные технологии.
- Горно-геологическое
- Инновационные технологии в агропромышленном комплексе
- Машиностроения
- Нефти и химических технологий.
- Транспорта и коммуникации.
- Экологии.
- Экономики.
- Энергетики и энергосберегающих технологии.
Филиалы:
- Акмолинский.
- Актауский.
- Актюбинский.
- Атырауский.
- Восточно-Казахстанский.
- Жамбылский.
- Западно-Казахстанский.
- Кызылординский.
- Павлодарский.
- Северо-Казахстанский.
- Южно-Казахстанский.
- Карагандинский.
- Костанайский.